酶联免疫法通过测定样品酶解前后果糖与蔗糖含量，进而计算得出多聚果糖含量，因试剂盒的稳定性、准确性等原因，其结果的准确性与重复性不甚理想；美国AOAC标准中制定的总果聚糖离子色谱法与分光光度法使用β-淀粉酶、普鲁兰酶、麦芽糖酶、外切菊粉酶、内切菊粉酶等多种酶酶解后测定，操作步骤复杂、结果重复性差。

多聚果糖本身成分复杂，主要是由聚合度为2～60的果聚糖组成，其中低聚果糖（聚合度为2～8）可溶于乙醇，而更高聚合度的果聚糖则属于不溶于乙醇，因此乙醇提取并沉淀蛋白方式也不适用于乳粉类样品中多聚果糖的测定，多聚果糖只能采用果聚酶水解的间接方法测定

多聚果糖是一种优良的水溶性膳食纤维，可以预与、降低血液胆固醇、稳定血糖水平；同时还是一种很好的“益生元”，具有调节菌群、增殖双歧杆菌、促进钙的吸收、促进、抗等保健功能，可减少肝脏毒素，能在肠中生成的有机酸，有的功能。多聚果糖被誉为抗生素时代后潜力的新一代添加剂——促生物质，在法国被称为原生素（hormone maternelle）。

我国GB 14880—2012《食品营养强化剂使用标准》中规定婴幼儿配方食品、婴幼儿谷类辅助食品、儿童及孕产妇乳粉中多聚果糖的用量不超过64.5 g/kg。