应用纤维素酶现在已广泛地应用于纺织、日用化工、造纸、食品发酵、工业洗涤、烟草、石油开采、废水处理及饲料等各个领域，其应用前景十分广阔。天然纤维素酶存在于微生物、某些昆虫和植物中。植物种子萌发时，纤维素酶水解种皮纤维素，利于出苗。草食反刍动物内的共生细菌和原生动物能分泌纤维素酶，将纤维素水解为可被吸收的糖。利用微生物分泌的纤维素酶进行农副产品加工，可生产优质饲料和葡萄糖。农业上应用绿色木霉(富含纤维素酶的一种真菌)进行饲料发酵，可提高纤维素类饲料的Chemicalbook营养价值。纤维素酶制品是分离植物原生质体的主要试剂之一，在植物细胞融合实验中，常用纤维素酶或蜗牛酶分解去除细胞壁，以分离获得需要的原生质体。大多数工业用的纤维素酶都是葡萄糖苷内切酶，含有一个催化区和一个纤维素连接区。没有纤维素连接区则酶对于纤维素的活性很低。有人对纤维素酶和蛋白酶进行了对照研究，发现纤维素酶的活性与吸附的强弱关系更大。Trichodermareesei的纤维二糖水解酶催化区域169位的氨基酸残基Tyr能协助葡萄糖环转换成更容易反应的构型。