纤维素酶的来源非常广泛，昆虫、软体动物、原生动物、细菌、放线菌、真菌等都能产生纤维素酶。1.细菌:细菌产生纤维素酶的量较低，主要是EG，大多数对结晶纤维素没有活性，而且所产生的酶是胞内酶或吸附在细菌壁上，很少能分泌到细胞外，增加了提取纯化的困难，在工业上实际很少采用。目前研究较多的是纤维素粘菌属、生孢纤维粘菌属和纤维杆菌属。2.放线菌:对放线菌的研究很少。分枝杆菌和原放线菌几乎不产纤维素酶或产量极低，产量稍高的主要是黑红旋丝放线菌、玫瑰色放线菌、纤维放线菌和白玫瑰放线菌。3.真菌:目前用于生产纤维素酶的微生物大多属于真菌，研究较多的有木霉属、曲霉属、根霉属和漆斑霉菌。它们能产生大量的纤维素酶，其中尤以木霉属的产量居多。李氏木霉和绿色Chemicalbook木霉等是木霉属中酶活性较高的菌种。真菌产生三类纤维素酶，能分泌到菌体，一般不聚集形成多酶复合体，但相互发生强烈的协同作用。目前已制成制剂的有绿色木霉、黑曲霉、镰刀霉，以及拟青霉和斜卧青霉等纤维素酶。4.酵母:由于纤维素酶工业化生产的需要，要求提高酶的产量、外分泌性和耐热性。近来对纤维素酶基因克隆研究较多。虽然几乎所有已克隆的基因都能在大肠杆菌中表达，但由于提取困难和表达水平低，目前将基因表达方面的研究转向于真核表达系统，目前应用较多的是酵母表达系统。酵母不产生毒素，用其表达纤维素酶基因，其产物高度糖基化，经正确加工修饰后可直接分泌至培养基，表达水平高。如酵母表达的CHBⅡ、EGⅠ的产量可达100mg/L以上，并具有正常的生物学活性。