微生物蛋白酶又可分为细菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放线菌蛋白酶。按其对蛋白质作用部位的不同，又可分为内肽酶和外肽酶。按其作用最适pH值可分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分为巯基蛋白酶、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶，以及只能水解某一种或某两种氨基酸之间肽键的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。食品工业(酱油酿造、制乳酪、制面包、点心、通心粉、Chemicalbook肉类加工、酿酒、制蛋白水解物、脱腥、氨基酸调料、凝乳、嫩肉粉等);日用化学工业(洗涤剂添加剂、牙膏、化妆品等)；皮革工业(脱毛、软皮)；制明胶；制胶原纤维；制药；处理废感光胶片；饲料工业、石油工业(脱蜡)等。图1为蛋白酶的空间结构专一性蛋白酶对其水解的肽键邻近的基团有一定的专一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分别要求其作用的肽键邻近有游离的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽键的羧基端为芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶则要求为碱性氨基酸(赖氨酸或精氨酸等)。