野生三文鱼的寄生虫比较多，以异尖线虫最常见，容易引起，不过海水寄生虫无法在人体内长期生存。相比而言，养殖三文鱼的寄生虫可能会少一些。值得注意的是，淡水养殖的虹鳟鱼有时也会被用来做刺身，但它的风险远远大于三文鱼。这是因为淡水鱼中的寄生虫可以在人体内生存，其中最常见的是肝吸虫。因此，淡水养殖的虹鳟鱼不能生食。异尖线虫可以通过冷冻方法冻死。上海食药监局参照国外标准推荐，在零下20℃冷冻超过24小时或在零下35℃冷冻15小时。

三文鱼的颜色为什么是橙红色？野生三文鱼以海藻、鱼虾为食，它们体内的虾青素赋予了三文鱼漂亮的橙红色。养殖三文鱼除了吃小鱼小虾外，还会饲喂蛋白质、鱼油等，使得虾青素不足，肉色容易发白。为了提高鱼的感官品质，饲养者常常会给养殖三文鱼喂食一种饲料添加剂——角黄素，使其肉色呈自然的橙红色。不过消费者不必担心，角黄素是一种类胡萝卜素，在很多食物中天然存在，比如蘑菇。由于添加的量很小，角黄素并不会对健康造成威胁，欧盟、美国和国际食品法典都认为它是安全的。