微生物蛋白酶又可分为细菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放线菌蛋白酶。按其对蛋白质作用部位的不同，又可分为内肽酶和外肽酶。按其作用最适pH值可分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分为巯基蛋白酶、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶，以及只能水解某一种或某两种氨基酸之间肽键的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。

胰蛋白酶能够催化蛋白质的特定肽键水解，这个催化过程是不需要能量的，不会使酶失去活力，也不会改变形状和使自身水解。底物与酶的活性中心的结合是可逆的，这种结合使得蛋白质特定肽键因弯曲变形而被活化，更易于受到水分子的攻击，分别形成氨基和羧基而断裂，得到小分子多肽或氨基酸。不同的蛋白酶可以作用在不同氨基酸相连组成的肽键，因此胰蛋白酶并不能作用在所有的肽键。