微生物蛋白酶又可分为细菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放线菌蛋白酶。按其对蛋白质作用部位的不同，又可分为内肽酶和外肽酶。按其作用最适pH值可分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分为巯基蛋白酶、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶，以及只能水解某一种或某两种氨基酸之间肽键的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。

蛋白酶是最重要的一种工业酶制剂，能催化蛋白质和多肽水解，广泛存在于动物内脏、植物茎叶、果实和微生物中。在干酪生产、肉类嫩化和植物蛋白改性中都大量的使用蛋白酶。此外，胃蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、羧肽酶和氨肽酶都是人体中的蛋白酶，在它们的作用下，人体摄入的蛋白质被水解成小分子肽和氨基酸。

目前在焙烤工业中使用的蛋白酶有霉菌蛋白酶、细菌蛋白酶和植物蛋白酶。