用途用于增加果汁产量和澄清度，也用于麻的脱胶用途适用于纺织、服装、酿造、食品、造纸等行业用途植物细胞杂交和花药培养；促进果胶水解蔗糖和半乳糖醛酸用途果胶酶可催化果胶中的甲酯水解，以及将多聚半乳糖醛酸分解成较小分子多聚物。可作为饮料的澄清剂，也用于橘子脱囊衣等。我国规定可用于糖水橘子罐头(去囊衣)、果酒、果汁，按生产需要适量使用。生产方法本酶主要来自霉菌，工业生产主要采用黑曲霉作为生产菌。在含有豆粕、蔗糖、苹果渣等固体培养基中培养；然后用水Chemicalbook提取，经有机溶剂沉淀，再分离、干燥、粉碎即得产品。商品制剂中还需加入硅藻土、葡萄糖等填充料和防腐剂、稳定剂等。

果胶酶是水果加工中最重要的酶，应用果胶酶处理破碎果实，可加速果汁过滤，促进澄清等。应用其他的酶与果胶酶共同使用，其效果更加明显，如秦蓝等采用果胶酶和纤维素酶的复合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的稳定性。并通过扫描电子显微镜观察南瓜果肉细胞的超微结构，显示出单一果胶酶制剂或纤维素酶制剂对南瓜果肉细胞壁的破坏作用远不如复合酶系。又如张倩等提出了一种新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有广阔的应用前景